La cinquième journée de rencontres et d'échanges organisée par le réseau LoOPS aura lieu le jeudi 12 juin 2014 au laboratoire de Mathématiques d'Orsay (bâtiment 425).
Cette journée est structurée, comme souvent pour les journées LoOPS, avec une matinée de présentations, accompagnées de leurs discussions, suivie d'un après-midi consacré à des ateliers.
La thématique de cette journée porte sur des formats de données scientifiques et des outils graphiques en utilisant Python. De nombreux modules existent et nous ne pourrons bien évidemment pas tous les aborder. Nous avons donc fait une sélection de deux modules pour chaque.
N'hésitez pas à faire de la réclame pour LoOPS et cette cinquième journée, notamment grâce à cette affiche.
L'inscription est gratuite mais obligatoire pour nous permettre de préparer au mieux cette journée. Merci de vous inscrire via ce formulaire.
Intervenant: Sylvain Faure (LMO).
La conception d’outils de visualisation sur mesure a un intérêt lorsque les logiciels de visualisation usuels (ParaView, Visit, Ensight,…) ne sont pas envisageables, lorsque l’on souhaite automatiser la fabrication des images ou encore lorsque l’on envisage une visualisation en temps réel. On abordera les notions de pipeline de visualisation, de scène, de rendu et d’interaction via plusieurs exemples de scripts Python utilisant le module vtk.
Intervenant: Cyrille Rossant (University College London).
HDF5 est un format de fichier ouvert permettant de stocker et d'organiser d'importants volumes de données (gigaoctets ou teraoctets). Il est utilisé par de nombreuses universités et instituts de recherche à travers le monde (NASA, NOAA, synchrotrons...). HDF5 définit aussi une interface de programmation haute performance en C pour la lecture et l'écriture de données. Des wrappers existent dans de nombreux langages de plus haut niveau, notamment en Python. Dans cet exposé, nous présenterons les principales caractéristiques de HDF5, ainsi que les interfaces en Python avec PyTables et h5py.
Intervenant: Marc Poinot (ONERA).
Intervenant: Nicolas Rougier (INRIA).
OpenGL a subi une véritable révolution il y a une dizaine d'année lorsque le pipeline statique a été abandonné au profit du pipeline dynamique. Ce nouveau pipeline, allié à la puissance des cartes graphiques actuelles, offre désormais des possibilités presque illimitées au niveau de la visualisation scientifique, et ce, même sur une machine standard, voire un simple portable. Cependant, le prix à payer est assez cher puisque la programmation des cartes graphiques modernes n'est pas très intuitif. Au travers d'un exemple en python/PyOpenGL (animation d'un cube), nous verrons pourquoi il devient nécessaire d'utiliser des librairies adaptées à la visualisation comme par exemple la récente librairie vispy qui permet d'ores et déjà d'abstraire une bonne partie du travail fastidieux de mise en place des buffers et shaders, composants essentiels de l'OpenGL moderne. Nous verrons par ailleurs qu'avec cette même interface, il est possible de faire très simplement du calcul cellulaire avec le GPU (Graphical Processing Unit), type jeu de la vie ou bien système de réaction-diffusion.
Intervenants: Sylvain Faure (LMO) et Marc Poinot (ONERA).
Nous construisons une interface graphique Qt simple avec une fenetre de visualisation VTK. L'outil Qt/designer est utilisé avec PySide, le cycle édition/production/test (designer/cython/python) est mis en oeuvre. Une bonne connaissance de Python est requise.
TP:
Prérequis:
Intervenants: Nicolas Rougier (INRIA) et Cyrille Rossant (University College London).
Dans cet atelier, nous travaillerons avec un jeu de données hétérogènes HDF5 provenant d'une réelle expérience en neurosciences. Il s'agira de charger ces données à l'aide de la librairie h5py, et de développer différents modules de visualisation à l'aide de Vispy.
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